En Dragonball GT Goku vuelve a convertirse en niño nuevamente (aunque en realidad tenga más de 50 años) gracias a la intervención de un envejecido Pilaf. En su nuevo estado Goku deberá buscar junto con su nieta Pan y Trunks las Esferas Oscuras por el universo. Luego de un largo viaje a bordo de la “Tako” visitan los planetas Imegga, Monmras, Kelbo, Ludeze y Bieh buscando aquellas Esferas y enfrentando a los más poderosos enemigos.

También se verían en grave peligro al enfrentar la amenaza del último Tsufuruyin: Baby y su posterior evolución: Vegeta-Baby; la destrucción de la Tierra y su posterior reconstrucción, el éxodo de la humanidad hacia un nuevo planeta.

Tras la posterior destrucción de Baby, una nueva amenaza provocada por el Dr. Mu y el Dr. Güero pondrían en graves aprietos a los Saiyajins, la aparición del brutal A-18 significaría la muerte de Krillin. Al vencer esta terrible amenaza nuestros amigos debieron enfrentarse a los temibles Dragones del mal, generados al intentar resucitar a Krillin con las esferas. Al final luego de una formidable batalla contra el Dragón oscuro más poderoso Ih Shen Ron Goku se fusiona con las esferas y desaparece junto a Sheng Long.

Después de 100 años Goku regresa para visitar a su tataranieto Goku Jr. y darle el legado de la Esfera de 4 Estrellas, después de esto desaparece para siempre.